یکی از زیباترین ویژگی های بعضی از این دریاچه ها حضور متنوعی از سنگ های رنگی در زیر آب و روی ساحل است. سنگ ها رنگ هایی از قرمز تیره تا قرمز روشن و از سبز تا آبی دارند. سنگ های رنگی به وفور در ساحل دریاچه ی مک دونالد واقع در قشمت غربی پارک دیده می شوند. دریاچه ی مک دونالد با مساحت 27 کیلومتر مربع بزرگترین ذریاچه ی پارک ملی گلاشیر است. این دریاچه همچنین با طول 15 کیلومتر طولانی ترین و با عمق 141 متر عمیق ترین دریاچه ی این پارک است.

این سنگ های رنگی در واقع در همه جای این پارک ملی دیده می شوند و در دوره های مختلف به وجود آمده اند. وقتی یخچال ها به این منطقه رسیدند، تخته سنگ ها را شکستند و آب رودخانه تکه های خورد شده را با خود برد. بسیاری از این سنگ ها در دریاچه ها ته نشین شدند و فرسایش آب آنها را به شکلی که امروزی درآورد.